Publicaciones científicas en revistas indizadas:

1. Josué Álvarez-Borrego, Selene-Solorza, Mario Alonso Bueno-Ibarra. 2013. Invariant correlation to position and rotation using a binary mask applied to binary and gray images. Optics Communications. ISSN: 0030-4018. (Aceptado para su publicación)
2. Rosa María Longoria-Espinoza, Nadia Rubí Douriet-Gámez, Melina López-Meyer, Francisco Quiroz-Figueroa, Mario Bueno-Ibarra, Jesús Méndez-Lozano, María Elena Santos-Cervantes, Rubén Félix-Gastelum, Jesús Alicia Chávez-Medina, Norma Elena Leyva-López. 2013. Differentially regulated genes in Solanum tuberosum in response to "Mexican potato purple top phytoplasma" infection. Physiological and Molecular Plant Pathology. Physiological and Molecular Plant Pathology, Volumen 81 33-44p. ISSN: 0885-5765.
3. Valenzuela-Muñoz, Valentina; Bueno-Ibarra, Mario; Gallardo-Escárate, Cristian. 2012. Characterization of the transcriptomes of Haliotis rufescens reproductive tissues. Aquaculture Research. Blackwell Publishing Ltd. 1-15pp.
4. Claudia Fimbres-Castro, Josué Álvarez-Borrego and Mario Alonso Bueno-Ibarra. 2012. Invariant nonlinear correlation and spectral index for diatoms recognition. Optical Engineering. Vol. 51, 047201 11pp. ISSN: 0091-3286.
5. Mario A. Bueno-Ibarra, María Cristina Chávez-Sánchez and Josué Álvarez-Borrego. 2011. K-law spectral signature correlation algorithm to identify white spot syndrome virus in shrimp tissues. Journal Aquaculture. ISSN: 0044-8486. Vol. 318(3-4) 283-289 p.    
6. Mario A. Bueno-Ibarra, María Cristina Chávez-Sánchez and Josué Álvarez-Borrego. 2010. Nonlinear Spectral Technique to Analyze White Spot Syndrome Virus Infection. International Journal On Advances in Life Sciences, Vol 2, no 3&4 July 1 to December 31, 2010. ISSN 1942-2660.   
7. Cristian Gallardo-Escárate, Josué Álvarez-Borrego, Miguel Ángel Del Río-Portilla, Elisabeth Von Brand-Skopnik and Mario A. Bueno. 2005. Analysis of chromosomal DNA contents in Pacific red abalone Haliotis Rufescens by fluorescence image analysis. Journal of Shellfish Research, Vol. 24(4): ISSN: 0730-8000. 1161-1168 p. (Citas: 2).    
8. Mario A. Bueno-Ibarra, Josué Álvarez-Borrego, Leonardo Acho and María Cristina Chávez-Sánchez. 2005. Polychromatic Image Fusion Algorithm and Fusion Metric For Automated Microscopes. Optical Engineering. Vol. 44(9), 093201:1-7, ISSN: 0091-3286. (Citas: 1)    
9. Mario A. Bueno-Ibarra, Josué Álvarez-Borrego, Leonardo Acho and María Cristina Chávez-Sánchez. 2005. Fast Autofocus Algorithm for Automated Microscopes. Optical Engineering. Vol. 44(6), ISSN: 0091-3286, 063601: 1-8. (Citas: 10)    

Publicaciones científicas arbitradas en memorias de congreso:

1. Josué Álvarez-Borrego, Selene-Solorza y Mario Alonso Bueno-Ibarra. 2012. Invariant correlation using a binary mask applied to binary and gray images. Proceedings of the Mexican Optics and Photonics Meeting 2012 (MOPM 2012). 19 al 21 de septiembre del 2012. San Luis Potosí, México.
2. Claudia Fimbres-Castro, Josué Álvarez-Borrego and Mario Alonso Bueno-Ibarra. 2011. Invariant correlation by using vectorial signatures and spectral index. 22nd Congress of the International Commission for Optics: Light for the Development of the World. Proc. of SPIE Vol. 8011, 801171 ICO-2011. August 15-19. Puebla, Méx.  doi:10.1117/12.901995.    
3. Mario Alonso Bueno Ibarra, María Cristina Chávez Sánchez and Josué Álvarez-Borrego. 2010 Development of a Nonlinear K-Law Spectral Signature Index to Classify Basophilic Inclusion Bodies of the White Spot Syndrome Virus.BIOINFO 2010 The First International Conference on Advances in Bioinformatics and Applications. March 7-13. Cancún, México. IARIA Congress. 1-4p. DOI:10.1109/BioSciencesWorld.2010.12.    
4. Josué Álvarez-Borrego, Vitaly Kober, Cristian Gallardo-Escárate, María Cristina Chávez-Sánchez, Emma Fájer-Ávila and Mario Alonso Bueno-Ibarra. 2006. Fusion algorithm for color microbiological organisms images in automatized microscopes. XX ICO, International Conference on Optics, Optical Information Processing. Changchun, China. International Society for Optical Engineering. ISSN 0277-786X. ISBN 0-8194-6058-3 602732:1-7.    
5. Cristian Gallardo-Escárate, Josué Álvarez-Borrego, Mario A. Bueno-Ibarra, Miguel Ángel del Río-Portilla and Elisabeth von Brand-Skopnik. 2005. Analysis of Chromosomal DNA Content in Pacific Red Abalone Haliotis Rufescens by Fluorescence Image Analysis . WORLD AQUACULTURE 2005. Nusa Dua, Bali – Indonesia. 448p.   
6. Bueno Mario A., Josué Álvarez-Borrego and Leonardo Acho. 2004. Autofocus Algorithm Using One-Dimensional Fourier Transform and Pearson Correlation. 5th Iberoamerican Meeting on Optics and 8th  Latinamerican Meeting on Optics, Lasers and Their Applications. Vol. 5622, 0277-86X/04, 760-765p Porlamar, Isla Margarita, Venezuela.    
7. Josué Álvarez-Borrego, Cristina Chávez-Sánchez and Mario Alonso Bueno Ibarra. 1999. Detection of virus in shrimp using digital color correlation. 18th Congress of the International Commission for Optics: Optics for the Next Millennium. Vol. 3749, pp. 655-656. San Francisco, CA. The International Society for Optical Engineering. ISSN 0277-786X.     

Congresos:

1. López Alcántar Dalia Guadalupe, Espinosa Carreón Leticia, Bueno Ibarra Mario, Beier Emilio, Cepeda Morales Jushiro y Quiroz del Campo Nayely N. 2012. Variabilidad interanual de la productividad primaria en el sistema frontal de Baja California Sur durante 1997-2010. Reunión Anual Unión Geofísica Mexicana, A.C. Volumen 32 Num. 1 p.228. 28 de octubre al 2 de noviembre 2012, Puerto Vallarta, Jalisco, México. ISSN: 0186-1891.
2. López-Soto, Nataly; Bueno-Ibarra, Mario; López-Meyer, Melina. 2012. Análisis de aislados del género Streptomycetes Y Bacillus, como promotores potenciales del crecimiento vegetal. VIII Encuentro Nacional de Biotecnología del Instituto Politécnico Nacional. 8-10 Octubre 2012, Durango, Dgo., México.
3. Josué Álvarez-Borrego, Selene-Solorza, Mario Alonso Bueno-Ibarra 2012. Correlación invariante en la identificación de algunas especies del placton. Congreso Nacional de Oceanografía. 11-14 Septiembre, 2012. San Francisco de Campeche.
4. Claudia Fimbres-Castro, Josué Álvarez-Borrego, Mario Alonso Bueno-Ibarra 2012. Índices espectrales y firmas vectoriales invariantes en la identificación de diatomeas. Congreso Nacional de Oceanografía. 11-14 Septiembre, 2012. San Francisco de Campeche.
5. Dalia Guadalupe López Alcántar, T. Leticia Espinosa Carreón, Mario Alonso Bueno Ibarra, Emilio Beier. 2011. Variabilidad espacio-temporal de la clorofila a y la temperatura superficial del mar en el sistema frontal de Baja California Sur. XII Reunión del Programa de Investigaciones Mexicanas de la Corriente de California. XXXV Aniversario del CICIMAR-IPN. Septiembre 23, La Paz, Baja California Sur.
6. Mario Alonso Bueno-Ibarra, Jesús Damián Cordero-Ramírez, Ignacio Eduardo Maldonado-Mendoza. 2010. Desarrollo de una plataforma biocomputacional para la identificación de antagonistas a Fusarium verticillioides en un banco de germoplasma de rizosfera de maíz en el Estado de Sinaloa. 7o Encuentro Nacional de Biotecnología del Instituto Politécnico Nacional. Mazatlán, Sin.   
7. Longoria-Espinoza, Rosa María, Douriet-Gámez, Nadia Rubí, Méndez-Lozano, Jesús, Félix-Gastelum, Rubén, Bueno Ibarra, Mario, Quiroz-Figueroa, Francisco y Leyva-López Norma Elena. 2010. Identificación de genes expresados diferencialmente en respuestas al ataque del fitoplasma “Mexican potato top”en solanum tuberosum usando hibridación sustractiva por sipresión. 7o. Encuentro Nacional de Biotecnología del Instituto Politécnico Nacional. Mazatlán, Sin. 3er. Lugar en la Sesión de Carteles del Área Vegetal.    
8. Longoria-Espinoza, Rosa María; Méndez-Lozano, Jesús; Félix-Gastelum, Rubén; Santos Cervantes, María Elena;  Bueno Ibarra, Mario; Quiroz-Figueroa, Francisco y Leyva-López Norma Elena. 2010. Identificación de genes expresados diferencialmente en respuestas al ataque del fitoplasma “mexican potato purple top” en solanum tuberosum usando hibridación sustractiva por supresión. XIII Congreso Nacional de Papa. Sept. 2010. Tapalpa, Jalisco, México. 
9. Josué Álvarez-Borrego, Cristian Gallardo-Escárate, Miguel Angel del Río-Portilla, Vitaly Kober, M. Amparo Rodríguez-Santiago, Rosa Reyna Mouriño-Pérez, Ernestina Castro-Longoria, Mario A. Bueno-Ibarra, M. Cristina Chávez-Sánchez, Emma J. Fájer-Ávila.2004. Procesado de Imágenes de Microorganismos.IV Simposio de Óptica en la Industria. Academia Mexicana de Óptica, División de Óptica de la SMF, CICESE. Ensenada, Baja California, México.
10. Mario A. Bueno, Josué Álvarez-Borrego, Leonardo Acho y Vitaly Kober. 2003. Filtrado de imágenes y detección de orillas utilizando un filtro promediador móvil multipunto unidimensional. XLVI Congreso Nacional de Física. Sociedad Mexicana de Física. 75V03:1-6, Mérida, Yucatán, México.

Libros y Capítulos en Libros

Josué Álvarez Borrego, Mario Alonso Bueno Ibarra y María Cristina Chávez Sánchez. Capítulo 9 Sistema de adquisición de partículas biogénica, 177-192p. 2008. Libro: Introducción a la identificación automática de organismos y estructuras microscópicas y macroscópicas.  Editores: Josué Álvarez-Borrego y María Cristina Chávez-Sánchez, 264 p., ISBN: 978-97027-1396-8. México. Ediciones de la Noche. Universidad de Guadalajara, CICESE, CIAD. Josué Álvarez Borrego, Mario Alonso Bueno Ibarra y María Cristina Chávez Sánchez. Capítulo 10 Autoenfoque y fusión. 193-216p. 2008. Libro: Introducción a la identificación automática de organismos y estructuras microscópicas y macroscópicas.  Editores: Josué Álvarez-Borrego y María Cristina Chávez-Sánchez, 264 p., ISBN: 978-97027-1396-8. México. Ediciones de la Noche. Universidad de Guadalajara, CICESE, CIAD. Mario Alonso Bueno Ibarra. Desarrollo de una Tecnología Sistematizada para la Adquisición de Partículas Biogénicas.2005. PhD. Thesis. Escuela Superior de Ingeniería Mecánica y Eléctrica Unidad Culhuacan (ESIME), Instituto Politécnico Nacional (IPN), A030369. 247p. México. Josué Álvarez Borrego y Mario Alonso Bueno Ibarra. Análisis de señales ópticas. Comunicaciones Académicas. Serie Óptica. Centro de Investigación Científica y de Educación Superior de Ensenada. 1998. CICESE 94p. CTOPT9802. Ensenada. B. C., México.