El uso de agroquímicos ha permitido obtener incrementos substanciales en la producción; no obstante, sus efectos adversos impactan significativamente la sostenibilidad de la agricultura. En los últimos años, sin embargo, se ha buscado el establecimiento de alternativas biológicas de manejo de plagas y enfermedades.
Una etapa muy importante en este proceso es el desarrollo de metodologías que nos permitan la identificación de una manera rápida y segura de agentes de biocontrol. Por lo que se desarrolló y aplicó una tecnología biocomputacional automática que soporta la búsqueda e identificación de microorganismos en un banco de germoplasma de 10,000 microorganismos aislados de la rizósfera de maíz, con el objeto de soportar la identificación de agentes de biocontrol contra el fitopatógeno Fusarium verticillioides causante de la enfermedad de la pudrición del tallo en maíz.
En colaboración se desarrolló el protocolo molecular para la obtención de los datos de secuencias provenientes de placas con un formato de 96 pozos, procediendo al análisis automatizado mediante la plataforma bioinformática desarrollada. Se analizaron los datos de cada una de las placas generadas y se obtuvo la identificación de los 10,000 microorganismos aislados del banco de germoplasma.
          

El banco fue construido favoreciendo grupos de microorganismos pertenecientes a los géneros Bacillus y Pseudomonas los cuales fueron identificados como miembros principales de esta colección.
El análisis automático realizado por medio de técnicas biocomputacionales, bioinformáticas y protocolos moleculares ha permitido acelerar la identificación de esta colección masiva de microorganismos lo cual sin duda contribuye a la formulación de alternativas biológicas de control de manera eficiente.